海珠是现区名，得名于古代广州珠江中的海珠石。海珠石与海印石、浮丘石合称“广珠三石”，又称“羊城三石”、“珠江三石”。在古代广州珠江河段中，海珠石居中，海印石在东，今海印桥、海印公园均因在海印石而得名。浮丘石在西。清代屈大均的《广东新语》、李调元的《粤东笔记》、范端昂的《粤中见闻》中对“珠江三石”均有记载。

清乾隆年间范端昂的《粤中见闻》记曰“广城南海中，有片石涌出水面，广袤数十丈。相传有贾胡持摩尼球至此，珠飞入水，浦曰沉珠，其石曰海珠”。书中还记述了海珠石上有慈庆寺，种有古榕，清顺治年间筑有炮台等。宋代时海珠石羊城八景之一，“珠海晴澜”。

在1990年编纂的《名城广州常识》一书中的“掌故与传说”中，以一个古老的神话传奇故事，记述了海珠石的来源和珠江的得名。

传说秦汉时期，赵佗在广州建南越国，他有一颗镇国之宝，称阳燧宝珠。赵佗死后这颗宝珠成为陪葬品。当时有一位书生叫崔炜，很想见识一下这颗镇国宝珠，后来他因请神医救活了仙女玉京子，仙女为表谢意，让崔炜到赵佗的墓穴地宫中去探访，赵佗就把宝珠送给了他。后来，这颗宝珠被一位波斯商人重金购得，取名“摩尼珠”，并准备把这颗宝珠带回波斯国。有一天，船至广州城南大江，两岸风景秀丽，他情不自禁地拿出宝珠欣赏，突然狂风大作，波浪翻滚，宝珠化作一道白光射入江中，变成一块巨石。到了夜晚，巨石如明珠一样闪闪发光，人们就把巨石称为“海珠石”，同时把广州城南的这条大江称为“珠江”。